Nació en Puech (Francia) en 1802. Desde temprana edad se manifestó su vocación y su destino. Frecuentaba las iglesias del lugar y, al parecer, uno de los sermones que escuchó le impresionó de tal manera que anheló desde aquel instante ser misionero y sufrir el martirio.
Poco después de cumplir quince años de edad ingresó en la congregación de san Vicente de Paul. En el transcurso del noviciado manifestó una conducta ejemplar; dedicaba todo el tiempo libre al estudio de los textos sagrados, la penitencia y la oración. A partir de 1823 insistió ante sus superiores en el deseo de dedicarse a las misiones de China.
En aquel tiempo el territorio de dicho país estaba vedado a los sacerdotes cristianos. Aquel que fuera descubierto tenía por delante la cárcel, las torturas y la muerte. Y aunque a Juan Gabriel Perboyre no le arredraba esta perspectiva, sus superiores no le otorgaron el ansiado permiso.
Después de cursar brillantemente los estudios de teología, se lo destinó como profesor al seminario de Saint-Flour. Tanto sobresalió en esta tarea, que años después, en 1832, fue designado subdirector del noviciado que los lazaristas tenían en París. Doce años tuvo que esperar para ver cumplidos sus deseos. En 1835 partió para Macao. Durante cuatro meses se aplicó al estudio del idioma chino, en el que alcanzó sorprendentes progresos con rapidez. Tuvo que disfrazarse y vestir a la usanza de los naturales del país; se hizo rapar la cabeza y se dejó crecer la coleta y los bigotes.
Le destinaron la misión de Honán. En el ejercicio de esta actividad se dedicó preferentemente a la salvación de los niños abandonados, de los que había gran número; los recogía, los alimentaba y educaba, instruyéndolos como podía en la doctrina. Viajaba a pie, a veces en lentos carros tirados por bueyes. Muchas veces se quedó sin comer, pasando las noches al descubierto, padeciendo el frío, el viento y la lluvia que lo calaba hasta los huesos; pero siempre con alegría, respirando el aire de la libertad, de la vocación conseguida y realizada, con la sangre ardiendo en el sacrificio y en la fe.
Dos años después fue enviado a la provincia de Hupeh, que sería el lugar de su martirio. En el año 1839 había irrumpido un violento brote de persecución. Por orden del gobernador la misión fue ocupada por las tropas. Los padres lazaristas que lograron escapar anduvieron errantes al sur del Yang-Tse Kiang, por los montes y las plantaciones de té y algodón. Deshecho de cansancio, Juan Gabriel Perboyre se detuvo en una choza, ocupada por un chino convertido que lo recibió con amabilidad. Mientras nuestro santo dormía, aquél lo delató a un mandarín, recibiendo en pago treinta monedas de plata. De aquí en más, el padre Perboyre recorrió un itinerario de sufrimientos. Fue llevado interminablemente de tribunal en tribunal, siendo azotado, escarnecido y torturado, puesto en prisión junto a malhechores comunes; con hierros candentes grabaron en su rostro caracteres chinos, pero fracasaron al querer que pisoteara un crucifijo.
Al año de ser capturado se dio fin a su martirio, en la capital, Wuchangfú, ahorcándolo en un madero con forma de cruz, el 11 de septiembre de 1840, junto con el padre Francisco Regis Clet, lazarista como él, después también beatificado.
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